Named species · GMrepo v3 · NCBI lineage

Microbes

Understood as Pseudomonadota Edit them in the filters below, or rephrase.

624 species

Most studiedMost common in healthy guts

Species	Healthy guts	Samples ↓
Escherichia coli Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	55%	14,839
Parasutterella excrementihominis Pseudomonadota · Sutterellaceae	43%	9,458
Sutterella wadsworthensis Pseudomonadota · Sutterellaceae	43%	8,653
Haemophilus parainfluenzae Pseudomonadota · Pasteurellaceae	24%	5,526
Klebsiella pneumoniae Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	16%	4,821
Mesosutterella multiformis Pseudomonadota · Sutterellaceae	7.3%	1,890
Enterobacter hormaechei Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	6.5%	1,649
Klebsiella variicola Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	5.9%	1,602
Citrobacter freundii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	4.7%	1,313
Enterobacter roggenkampii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	5.2%	1,271
Oxalobacter formigenes Pseudomonadota · Oxalobacteraceae	5.0%	1,191
Klebsiella quasipneumoniae Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	4.0%	1,176
Citrobacter portucalensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	4.1%	1,068
Enterobacter kobei Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	4.4%	996
Duodenibacillus massiliensis Pseudomonadota · Sutterellaceae	5.1%	976
Escherichia marmotae Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	3.1%	887
Klebsiella michiganensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	3.4%	833
Raoultella ornithinolytica Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	3.4%	786
Enterobacter asburiae Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	3.2%	695
Enterobacter ludwigii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	3.1%	686
Citrobacter braakii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	2.1%	602
Parasutterella secunda Pseudomonadota · Sutterellaceae	2.8%	596
Klebsiella aerogenes Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	2.3%	586
Proteus mirabilis Pseudomonadota · Morganellaceae	1.4%	509
Haemophilus sputorum Pseudomonadota · Pasteurellaceae	2.1%	503
Klebsiella oxytoca Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	1.6%	491
Morganella morganii Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	486
Dakarella massiliensis Pseudomonadota · Sutterellaceae	2.2%	467
Klebsiella grimontii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	1.9%	433
Turicimonas muris Pseudomonadota · Sutterellaceae	1.4%	420
Comamonas kerstersii Pseudomonadota · Comamonadaceae	1.5%	377
Neisseria subflava Pseudomonadota · Neisseriaceae	1.1%	372
Aggregatibacter segnis Pseudomonadota · Pasteurellaceae	1.0%	363
Kluyvera ascorbata Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	1.4%	350
Enterobacter cloacae Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	1.0%	335
Sutterella seckii Pseudomonadota · Sutterellaceae	1.9%	324
Pseudomonas aeruginosa Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	314
Sutterella parvirubra Pseudomonadota · Sutterellaceae	1.3%	309
Haemophilus pittmaniae Pseudomonadota · Pasteurellaceae	1.4%	295
Haemophilus haemolyticus Pseudomonadota · Pasteurellaceae	1.1%	276
Enterobacter bugandensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	1.0%	260
Enterobacter mori Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	1.1%	254
Hafnia paralvei Pseudomonadota · Hafniaceae	<1%	247
Kluyvera sichuanensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	233
Succinatimonas hippei Pseudomonadota · Succinivibrionaceae	<1%	225
Kluyvera cryocrescens Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	221
Sutterella faecalis Pseudomonadota · Sutterellaceae	1.2%	219
Haemophilus paraphrohaemolyticus Pseudomonadota · Pasteurellaceae	<1%	209
Hafnia alvei Pseudomonadota · Hafniaceae	<1%	190
Citrobacter koseri Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	181
Ralstonia pickettii Pseudomonadota · Burkholderiaceae	<1%	170
Leclercia adecarboxylata Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	162
Haemophilus parahaemolyticus Pseudomonadota · Pasteurellaceae	<1%	143
Eikenella corrodens Pseudomonadota · Neisseriaceae	<1%	136
Ectopseudomonas guguanensis Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	125
Citrobacter amalonaticus Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	121
Kluyvera georgiana Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	121
Plesiomonas shigelloides Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	119
Acinetobacter johnsonii Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	118
Lautropia mirabilis Pseudomonadota · Burkholderiaceae	<1%	116
Escherichia fergusonii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	115
Burkholderia puraquae Pseudomonadota · Burkholderiaceae	<1%	111
Phytobacter diazotrophicus Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	104
Cronobacter sakazakii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	97
Aeromonas veronii Pseudomonadota · Aeromonadaceae	<1%	90
Atlantibacter hermannii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	88
Aeromonas caviae Pseudomonadota · Aeromonadaceae	<1%	84
Sutterella megalosphaeroides Pseudomonadota · Sutterellaceae	<1%	84
Salmonella enterica Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	83
Neisseria sicca Pseudomonadota · Neisseriaceae	<1%	82
Sutterella massiliensis Pseudomonadota · Sutterellaceae	<1%	76
Serratia marcescens Pseudomonadota · Yersiniaceae	<1%	65
Stenotrophomonas maltophilia Pseudomonadota · Lysobacteraceae	<1%	61
Pseudomonas fragi Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	59
Acinetobacter baumannii Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	53
Kluyvera intermedia Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	52
Moraxella osloensis Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	51
Agrobacterium fabrum Pseudomonadota · Rhizobiaceae	<1%	50
Enterobacter soli Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	50
Acidovorax temperans Pseudomonadota · Comamonadaceae	<1%	49
Burkholderia contaminans Pseudomonadota · Burkholderiaceae	<1%	48
Providencia rettgeri Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	48
Aggregatibacter aphrophilus Pseudomonadota · Pasteurellaceae	<1%	43
Phyllobacterium calauticae Pseudomonadota · Phyllobacteriaceae	<1%	43
Providencia alcalifaciens Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	43
Pseudocitrobacter faecalis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	43
Ralstonia insidiosa Pseudomonadota · Burkholderiaceae	<1%	43
Pluralibacter gergoviae Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	42
Acinetobacter ursingii Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	40
Phytobacter massiliensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	39
Obesumbacterium proteus Pseudomonadota · Hafniaceae	<1%	38
Kosakonia cowanii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	36
Proteus vulgaris Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	36
Stutzerimonas stutzeri Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	36
Aggregatibacter kilianii Pseudomonadota · Pasteurellaceae	<1%	35
Pseudocitrobacter corydidari Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	35
Xanthomonas campestris Pseudomonadota · Lysobacteraceae	<1%	35
Enterobacter cancerogenus Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	33
Proteus terrae Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	30
Acinetobacter junii Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	29
Enterobacter wuhouensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	29
Mesorhizobium hungaricum Pseudomonadota · Phyllobacteriaceae	<1%	28
Serratia liquefaciens Pseudomonadota · Yersiniaceae	<1%	26
Acinetobacter lwoffii Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	25
Lelliottia nimipressuralis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	25
Neisseria elongata Pseudomonadota · Neisseriaceae	<1%	25
Psychrobacter faecalis Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	25
Acinetobacter soli Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	24
Cupriavidus pauculus Pseudomonadota · Burkholderiaceae	<1%	24
Proteus penneri Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	24
Klebsiella spallanzanii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	23
Pseudomonas helleri Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	23
Comamonas thiooxydans Pseudomonadota · Comamonadaceae	<1%	22
Enterobacter chuandaensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	22
Shewanella algae Pseudomonadota · Shewanellaceae	0%	22
Acinetobacter pittii Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	20
Edwardsiella tarda Pseudomonadota · Hafniaceae	<1%	20
Pseudomonas putida Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	20
Roseateles puraquae Pseudomonadota · Sphaerotilaceae	<1%	20
Aeromonas dhakensis Pseudomonadota · Aeromonadaceae	<1%	19
Delftia acidovorans Pseudomonadota · Comamonadaceae	<1%	19
Kosakonia sacchari Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	19
Pseudescherichia vulneris Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	19
Haemophilus influenzae Pseudomonadota · Pasteurellaceae	<1%	18
Raoultella terrigena Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	18
Aeromonas hydrophila Pseudomonadota · Aeromonadaceae	<1%	17
Enterobacter huaxiensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	17
Lelliottia amnigena Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	17
Sphingomonas echinoides Pseudomonadota · Sphingomonadaceae	<1%	17
Agrobacterium pusense Pseudomonadota · Rhizobiaceae	<1%	16
Lysobacter enzymogenes Pseudomonadota · Lysobacteraceae	<1%	16
Ralstonia mannitolilytica Pseudomonadota · Burkholderiaceae	<1%	16
Eikenella halliae Pseudomonadota · Neisseriaceae	<1%	15
Hyphomicrobium denitrificans Pseudomonadota · Hyphomicrobiaceae	<1%	15
Acinetobacter bereziniae Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	14
Kingella bonacorsii Pseudomonadota · Neisseriaceae	<1%	14
Pantoea dispersa Pseudomonadota · Erwiniaceae	<1%	14
Pseudomonas cremoris Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	0%	14
Pseudomonas lundensis Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	14
Comamonas denitrificans Pseudomonadota · Comamonadaceae	<1%	13
Acinetobacter albensis Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	12
Alcaligenes faecalis Pseudomonadota · Alcaligenaceae	<1%	12
Aquabacterium olei Pseudomonadota · Sphaerotilaceae	0%	12
Pseudomonas citronellolis Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	12
Pseudomonas fluorescens Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	12
Psychrobacter immobilis Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	12
Sphingomonas beigongshangi Pseudomonadota · Sphingomonadaceae	<1%	12
Acinetobacter parvus Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	11
Huaxiibacter chinensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	11
Pasteurella multocida Pseudomonadota · Pasteurellaceae	<1%	11
Acinetobacter guillouiae Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	10
Anaerobiospirillum succiniciproducens Pseudomonadota · Succinivibrionaceae	<1%	10
Brevundimonas diminuta Pseudomonadota · Caulobacteraceae	<1%	10
Ectopseudomonas chengduensis Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	10
Ectopseudomonas mendocina Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	0%	10
Klebsiella huaxiensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	10
Pseudomonas psychrophila Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	10
Psychrobacter fulvigenes Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	10
Yersinia enterocolitica Pseudomonadota · Yersiniaceae	<1%	10
Acinetobacter radioresistens Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	9
Bradyrhizobium elkanii Pseudomonadota · Nitrobacteraceae	<1%	9
Comamonas testosteroni Pseudomonadota · Comamonadaceae	<1%	9
Methylobacillus glycogenes Pseudomonadota · Methylophilaceae	0%	9
Neisseria bacilliformis Pseudomonadota · Neisseriaceae	0%	9
Oligella ureolytica Pseudomonadota · Alcaligenaceae	<1%	9
Pantoea agglomerans Pseudomonadota · Erwiniaceae	<1%	9
Pseudenterobacter timonensis Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	9
Pseudomonas juntendi Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	9
Vulcaniibacterium thermophilum Pseudomonadota · Lysobacteraceae	<1%	9
Brucella anthropi Pseudomonadota · Brucellaceae	<1%	8
Burkholderia pseudomallei Pseudomonadota · Burkholderiaceae	0%	8
Cardiobacterium hominis Pseudomonadota · Cardiobacteriaceae	<1%	8
Halomonas hydrothermalis Pseudomonadota · Halomonadaceae	<1%	8
Hydrogenophilus thermoluteolus Pseudomonadota · Hydrogenophilaceae	<1%	8
Klebsiella indica Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	8
Moellerella wisconsensis Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	8
Phyllobacterium myrsinacearum Pseudomonadota · Phyllobacteriaceae	<1%	8
Providencia stuartii Pseudomonadota · Morganellaceae	<1%	8
Pseudomonas lactis Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	8
Tepidimonas aquatica Pseudomonadota	0%	8
Uruburuella suis Pseudomonadota · Neisseriaceae	<1%	8
Acinetobacter harbinensis Pseudomonadota · Moraxellaceae	0%	7
Acinetobacter schindleri Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	7
Acinetobacter towneri Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	7
Aeromonas enteropelogenes Pseudomonadota · Aeromonadaceae	<1%	7
Afipia broomeae Pseudomonadota · Nitrobacteraceae	<1%	7
Brevundimonas aurantiaca Pseudomonadota · Caulobacteraceae	<1%	7
Brevundimonas mediterranea Pseudomonadota · Caulobacteraceae	<1%	7
Citrobacter sedlakii Pseudomonadota · Enterobacteriaceae	<1%	7
Denitrificimonas caeni Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	7
Microvirgula aerodenitrificans Pseudomonadota · Aquaspirillaceae	<1%	7
Neisseria meningitidis Pseudomonadota · Neisseriaceae	<1%	7
Pantoea piersonii Pseudomonadota · Erwiniaceae	<1%	7
Pantoea septica Pseudomonadota · Erwiniaceae	<1%	7
Pseudomonas paraversuta Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	7
Pseudomonas taetrolens Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	7
Thiopseudomonas denitrificans Pseudomonadota · Pseudomonadaceae	<1%	7
Vibrio parahaemolyticus Pseudomonadota · Vibrionaceae	<1%	7
Acinetobacter nosocomialis Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	6
Acinetobacter seifertii Pseudomonadota · Moraxellaceae	<1%	6

Showing 1–200 of 624 Show 50 more